Posrpnový vývoj 

Po přijetí moskevského protokolu byl L. Svoboda přesvědčen, že se mohou, i když ne v plné míře, realizovat představy ozdravění socializmu ve prospěch společnosti. K posílení pracovního kolektivu Kanceláře prezidenta L. Svoboda přizval jako své poradce proreformní odborníky z oblasti ekonomie, práva, mezinárodních vztahů i kultury, profesory Miroslava Kadlece, Miroslava Tučka, Karla Svobodu, pro kulturu Vladislava Stanovského a diplomata Miloše Parise. Projev prezidenta k padesátému výročí 28. října byl v duchu Pražského jara, prezident hovořil o vzniku Československa, zhodnotil zásluhy zakladatelů Republiky T. G. Masaryka, E. Beneše a M. R. Štefánika.

Pod vedením prezidenta Svobody byla v jeho kanceláři připravena koncepce vývoje, která měla garantovat obojí: pokračování pozitivních reforem na jedné straně a garanci jak bezpečnosti společenství, tak socialistické orientace státu na straně druhé. Bohužel tento projekt se nesetkal se zájmem u dříve zapálených stoupenců reformy ve vedení stranického aparátu. I ti co vycházeli z pozitivních, konstruktivních pozic, kapitulovali. Odpůrci reformy, kteří se cítili být vítězi, prahli po odvetě "za zradu socialismu". Jakoby obě strany chtěly dokázat, že za těchto podmínek žádný československý experiment nebude. Prosadila se "normalizace" včetně politických (nikoliv soudních ve stylu padesátých let) postihů tisíců odpůrců vstupu vojsk.

Po plénu ÚV KSČ 14. listopadu 1968 došlo ke změně ve vedení strany i v aparátu. Změna byla ve prospěch protireformních dogmatiků a v neprospěch politiků Pražského jara. Začaly se vytvářet podmínky pro návrat starých praktik. To se dělo pod dohledem Sovětů, ale i pod nepřímým vlivem vzájemných vztahů mezi velmocemi USA a SSSR. V prosinci 1968 navštívil Československo americký kongresman Charles Vanik, který vyjádřil své obavy z neurovnaných vztahů Československa se SSSR a zdůraznil, že prioritou USA je zachování rovnováhy sil se SSSR.

Po návratu z Moskvy se stal L. Svoboda členem předsednictva ÚV KSČ. Prezidentu Svobodovi šlo v jeho funkci, která mu dávala malý prostor pro ovlivňování politického dění, především o to, aby se vývoj přece jenom nezvrtl a nevyvolaly se politické procesy. Proto také odmítl návrh předsednictva strany jmenovat generálním prokurátorem jednoho, podle jeho názoru, mladého a životně nezkušeného právníka a prosadil zkušeného obhájce odsouzených v padesátých letech. Se svou malou skupinou poradců a odborníků prezidentské kanceláře se snažil činit některé kroky, které by pomohly čelit bezradnosti v situaci, která se po 21. srpnu vytvořila. Snažil se svými zahraničními cestami přispět k obnovování zahraničních styků na nejvyšší úrovni (Finsko, Irán, Japonsko, Mongolsko). I v oblasti ekonomické inicioval a dal podporu některým projektům, které považoval v tu chvíli za stěžejní jako impuls pro naší ekonomiku. Byla to např. stavba metra, která do té doby uvízla pro neshody okolo její koncepce. Ale i rozvoj bytové výstavby, aby mohly být pokryty požadavky obyvatelstva na bydlení, a současně aby výstavba dala podnět pro rozvoj těch odvětví výroby, které s ní souvisely. V zemědělství, o které se vždy zajímal, podpořil otevření cesty pro přidruženou výrobu a dynamický rozvoj.

Jako politický činitel státu Čechů a Slováků měl vždy hluboké a vřelé city ke Slovensku a Slováci ho tak také vnímali, zejména občané na Východním Slovensku. Slovensko často navštěvoval, velmi dobře poznal mentalitu slovenského lidu. Byl za důsledné řešení česko - slovenských vztahů a byl přesvědčen, že federativní uspořádání republiky, odstraní poslední předpoklady pro vznik nějakých vzájemných nedorozumění. Vysoce hodnotil Slovenské národní povstání, vítal je, protože se Slováci jasně distancovali od klerofašistického státu a Slovensko se tím zařadilo spolu s českými zeměmi mezi státy velké protifašistické koalice. Dne 27. října 1968 Národní shromáždění schválilo zákon o federalizaci a 30. října 1968 prezident ztvrdil federalizaci svým podpisem v Bratislavě na Hradě. Dne 9. ledna 1969, po prvé ve federalizovaném státě, přijal prezident v odděleném slyšení vládu českou a slovenskou.

Nicméně situace ve společnosti se stále jitřila.

Dne 16. ledna 1969 spáchal student Jan Palach sebevraždu upálením. Žádal zrušit cenzuru a zakázat šíření sovětské tiskoviny "Zprávy". Žádal, aby lidé zahájili na podporu těchto požadavků časově neomezenou stávku. Pokud by nebyly požadavky do 21. ledna 1969 splněny, měly vzplanout "další pochodně". V televizním vystoupení k tomuto tragickému činu prezident řekl: " ... Jako voják dovedu ocenit sebezapření i osobní statečnost Jana Palacha, jako prezident i občan naší republiky však nemohu skrýt, že nesouhlasím s tím, aby se tímto způsobem vyjadřovaly politické postoje. Právě jsem dostal otřesnou zprávu, že v Plzni podobným způsobem vztáhl ruku na svůj život další mladý člověk. Za vaše rodiče, za všechen lid naší země, za sebe i ve jménu lidskosti, ke které jsme se společně zavázali, vás žádám, zastavte tyto strašlivé činy. Já už jsem často hleděl smrti do tváře. Za největší povinnost občana, však považuji dát své vlasti každou hodinu, každý den svého života." (https://www.ceskatelevize.cz/ivysilani/1063978988-projev-prezidenta-ludvika-svobody-k-umr)

V přetrvávající rozjitřené situaci byl na Plenárním zasedání ÚV KSČ 17. dubna 1969 odvolán z funkce 1. tajemník A. Dubček a místo něho zvolen G. Husák. L. Svoboda podpořil tuto změnu, viděl v G. Husákovi energického člověka, racionálně uvažujícího, zapáleného stoupence nezbytných opatření. Kromě toho, z hlediska L. Svobody, který měl v živé paměti 50 léta, bylo pro něho důležité, že G. Husák poznal nezákonnosti padesátých let osobně na vlastní kůži a dalo se předpokládat, že bude mít dosti vůle, aby usiloval, alespoň část reformních snah realizovat, a že bude stoupencem dokončení rehabilitací lidí v padesátých letech nespravedlivě odsouzených, že jako bývalý politický vězeň bude zárukou, že nedojde k novým politickým procesům. Obava, aby se vývoj nezvrtl tímto nežádoucím směrem, tady v podvědomí stále byla.